액체생검 기술 기업으로 설립된 아이엠비디엑스는 NGS 실험 및 임상적 NGS 데이터 분석 분야의 전문가들로 구성된 기업이다. 아이엠비디엑스의 액체생검 기술은 혈액, 척수액, 소변과 같은 체액에 존재하는 세포 혹은 DNA를 통해 유전정보를 획득, 분석해 암을 비롯한 다양한 질병의 진단을 가능하게 한다. 해당 기술은 현재 주로 사용되고 있는 조직생검을 대신할 수 있는 기술로 관련 분야에서 큰 주목을 받고 있다. 분석개발2팀 조원준 사원에게 분석 소프트웨어 자동화 직무에 관해 들어보았다.
IMB Dx
분석개발2팀
조원준 사원
간단히 소개 부탁드립니다.
안녕하세요. 아이엠비디엑스 분석개발2팀에서 분석 Pipeline 자동화 시스템 개발 및 데이터베이스 관리를 맡은 조원준입니다. 업무는 올해로 2년 차입니다
아이엠비디엑스도 소개 부탁드립니다.
아이엠비디엑스(IMB Dx)라는 사명은 In My Blood Diagnostics의 머리글자에서 따온 것인데요. 이름 그대로 혈액 내 암세포로부터 떨어져 나온 DNA의 분석을 통해 암을 진단할 수 있는 기술을 개발하는 기업입니다. NGS 유전체 분석 기술을 활용해 임상 현장에서 활용 가능한 암 조기진단 서비스를 상용화하기 위해 노력하고 있으며, 현재는 환자의 유전자 변이에 맞는 치료제를 추천하는 치료제 매칭 서비스, 암의 재발 여부를 모니터링하는 서비스를 제공하고 있습니다.
Interview 01
분석 Pipeline 소프트웨어의 자동화 업무를 담당합니다
분석개발팀 및 원준 님의 업무에 대해 말씀해 주세요.
분석개발팀은 1팀과 2팀으로 나누어져 있는데요. 1팀에서는 분석 결과로 나온 변이 데이터를 관찰하고, 그 결과를 고객에게 안내하기 위한 Report 형식의 분석 결과지를 발행하는 업무 및 알고리즘 개발 업무를 담당합니다. 제가 속해 있는 2팀은 분석 Pipeline과 관련한 소프트웨어 개발 및 자동화 업무, 분석 데이터베이스의 관리 업무를 담당하는 부서이며, 저는 이 가운데 자동화 업무를 담당하고 있습니다. 영업팀과 실험팀을 거쳐 분석팀으로 들어온 샘플의 데이터를 자동으로 분석할 수 있는 Pipeline을 개발하는 업무라고 할 수 있습니다. 업무에는 Python을 주 프로그래밍 언어로 사용합니다.
액체생검 기술이란 무엇인가요?
액체생검이란 혈액, 소변, 척수액 등을 이용해 암 또는 그 이외의 다양한 질병을 진단하는 기술입니다. 암 검사를 위해 수술이나 시술이 행해져야 하는 조직생검과 달리, 액체생검은 비침습적인(noninvasive) 방식으로 혈액에 존재하는 암세포 유래 DNA(ctDNA)를 분석합니다. 이 때문에 비용이 낮고 결과도 빨리 나온다는 것이 장점입니다. 액체생검을 통해 어떤 유전적 변이가 있는지 확인할 수 있으며, 이를 기초로 해당 환자에게 적합한 면역항암제를 찾을 수 있습니다. 또한, 항암제 투여에 따른 암의 약물 반응이나 환자의 상태를 지속적으로 모니터링할 수 있다는 장점도 있습니다.
분석개발 담당자가 가져야 할 필수역량은 무엇이며, 그러한 역량을 기르기 위해서는 어떤 노력이 필요할까요?
분석개발 업무에서는 NGS Sequencing을 통해 나온 DNA 데이터가 분석 Pipeline을 거쳐 돌연변이 데이터를 산출시키고 이를 다양한 방식으로 분석하는 일을 합니다. 이 업무를 수행하기 위해서는 기본적으로 NGS 분석 Pipeline에 대한 이해 및 Pipeline에 쓰일 알고리즘을 구현하는 능력이 요구됩니다. 개인적으로는 입사 전부터 Rosalind라는 알고리즘 문제 풀이 사이트에서 Bio Informatics 분야의 문제를 풀어본 것과 백준이라는 사이트에서 전반적인 알고리즘 공부를 했던 것이 업무에 큰 도움이 되었습니다.
Interview 02
난관을 극복하기 위해서는 팀원과 소통하는 것이 가장 중요합니다
출근부터 퇴근까지의 업무 일과가 궁금해요.
출근하면 우선 다른 팀에서 들어온 업무 요청이 있는지 확인합니다. 요청받은 업무를 끝내면 기본 분석 Pipeline 자동화 코드에서 예외사항에 따른 오류가 없는지 검토합니다. 이후에는 Sequencing 서비스 건이 있는지 확인하고 존재하는 경우 이를 처리한 후 리포트를 발행하여 영업팀에 전송합니다. 그 밖에도 Pipeline에서 수동으로 처리되는 부분을 자동화하는 Flow를 구상하여 코드 작업을 수행합니다.
지금까지 업무를 수행하면서 가장 힘들었던 순간은 언제였고, 어떻게 극복하셨나요?
분석팀의 데이터베이스를 구축하는 초기 단계가 가장 어려웠던 것 같습니다. 데이터와 관련된 정보가 다양한 단계를 통해 생성되고, 서로 다른 중요도를 가지고 있기 때문입니다. 이를 해결하기 위해 우선 분석의 기준이 되는 Key 데이터를 정해 체계를 잡으려고 노력했고, 실무자들과 소통하면서 데이터를 구체화할 수 있었습니다. 업무를 해결하는 데 있어 ‘소통’이 가장 중요하다는 사실을 깨달은 순간이었습니다.
분석개발은 업무의 목표를 어떻게 설정하나요?
연초가 되면 팀장님과의 소통을 통해 1년 동안 개인이 달성하고자 하는 목표를 설정하고 내용을 작성합니다. OKR을 통해 업무에 커다란 방향성이 생기면, 팀 내 회의를 통해 목표의 진행 정도와 방향성을 공유하고, 피드백을 주고받습니다. 그렇게 공유된 업무는 연 1회 진행되는 상호평가를 통해 평가받게 됩니다.
올해는 분석 Pipeline을 완전히 자동화하고, 모든 샘플의 분석 결과를 데이터베이스에 축적하여 분석팀 및 다른 팀에서 편하게 이용할 수 있도록 하는 것을 목표로 삼았는데요. 끊임없이 발생하는 예외 상황들에 대처하며 완성도 있는 시스템을 개발하고자 노력하고 있습니다.
Interview 03
책임감을 가지고 본인의 업무는 본인 스스로 결정합니다
아이엠비디엑스에 입사하신 계기가 궁금해요.
대학에서는 생명공학과 컴퓨터공학을 복수전공했습니다. 대학 시절부터 Bio Informatics 분야에 관심을 가져, 4학년 마지막 학기에는 BDPM이라는 교육 프로그램에 참여했습니다. 프로그램을 통해 NGS Pipeline이 어떻게 동작하는지, 또한 결과 데이터를 어떻게 분석하는지 배울 수 있었습니다. 프로그램의 마지막에는 팀으로 진행하는 프로젝트가 있었는데, 해당 프로젝트를 진행하면서 아이엠비디엑스의 분석팀장님과 인연을 맺게 되었고, 이 인연을 계기로 아이엠비디엑스에 지원해 입사할 수 있었습니다.
근무 분위기는 어떤가요?
직급 대신 `님` 호칭을 사용하고 있으며, 본인의 업무는 스스로 결정하고 회의를 통해 공유합니다. 수직적이고 경직된 분위기에 익숙하신 분은 업무 적응이 힘드실 수도 있을 만큼 수평적인 문화를 가진 곳이 바로 아이엠비디엑스입니다.
분석개발팀의 업무 강도는 어떤가요?
기본적으로 하루 8시간 근무이고, 대부분 칼퇴근을 할 수 있는 분위기라 야근은 기껏해야 1년에 두세 번 정도밖에 하지 않습니다. 정해진 업무 시간에 집중해서 근무하도록 독려하기 때문에 근무시간 외에 업무를 할 일이 거의 없습니다. 출퇴근 시간도 무척 유연한 편이라, 8시부터 9시 반 사이라면 아무 때나 자유롭게 출근할 수 있습니다. 또한, 주말에 근무할 경우에는 근무시간에 따라 휴가가 주어지기도 합니다.
Interview 04
자격증보다는 프로그래밍과 관련한 기초지식이 더욱 중요합니다
면접 질문 중 기억에 남는 것은 무엇인가요?
아이엠비디엑스가 무슨 일을 하는 기업인지 질문받은 것이 가장 기억에 남습니다. 기업 홈페이지를 통해 조사한 내용에 개인적인 목표와 포부를 더해 아이엠비디엑스에 입사하고자 하는 열망을 보여드렸고, 면접관들께서도 흡족해하셨던 것 같습니다. 취업을 준비할 때는 분야와 직무를 막론하고 기업에 관한 정보를 가능한 한 많이 수집하고 분석하는 것이 매우 중요합니다.
직무에 도움이 되는 전공이나 자격증은 무엇인가요?
최근 트렌드에 비춰 봤을 때 자격증은 크게 중요하지 않다는 것이 개인적인 생각입니다만, NGS pipeline에 대한 기초적인 지식이 있다면 실무에 도움이 될 것입니다. 또한, 분석팀의 경우 리눅스 OS에서 Python이나 R을 주로 사용하기 때문에 이와 관련한 기본적인 프로그래밍 지식이 있으면 좋을 것 같습니다.
같은 분야에 취업을 희망하는 취업준비생들에게 응원 한마디 부탁드립니다.
개발 직무는 목표를 설정하고 그것을 달성하기 위해 스스로 업무를 찾아서 할 수 있는 능동적인 자세를 갖추는 것이 중요합니다. 이력서에 적는 스펙 한 줄보다는 그 과정을 통해 배움을 즐기고, 역량을 성장시키기 위해 적극적으로 노력하는 자세를 갖추는 것이 자신의 가치를 높인다고 생각합니다. 힘내셔서 꿈을 이루기를 바랍니다!
